Lab_4
Jordan Callahan
22 February, 2019
DNA Sequencing Simulation
In this lab, we will simulate DNA sequencing reads from a template sequence. That is, start with a template of 10,000 bases and sample 50bp reads for a predetermined number of reads, 100 in this case.
Generating DNA template sequence and creating a set
seqX <- sample(c("A","C","G","T"),10000,rep=TRUE,prob=c(0.4,0.1,0.1,0.4))
set = NULL
for (i in 1:100)
set = c(set, paste(sample(seqX[1:100], 50, replace=F), collapse=""))
set## [1] "TTTTTATCTTAATCGCTTCAAGCAAAATAATACTATAGATAGAAAATAAG"
## [2] "AATTATTCATTTGGTTATTTATTAAATAATAACTATTCTTAAAACACAAT"
## [3] "TATACGTTGTAATAACATTTAGTTATATAACTTAAAACAATCACATTCGA"
## [4] "GTTCTATTTCCTTGACATAAAAAATATACACGTATATCTTATATGAGAAT"
## [5] "TTATTATAATAAACGTATTCTTATAGTTTATCAACAGATTATTTTACAAT"
## [6] "GAAAACATACGTATAATATTTTATAAAATAATCTAACGTAAATATAAAGA"
## [7] "TCTTAATAACACAATTAAATTTATAGAGATAATTCACTGGTTCTCTTTAA"
## [8] "TTCTTAATTATAAATGCTAATCTATAAAATAATATAAATGATAACGTAAT"
## [9] "CATGATTCATACATATAAAATTTTTCCGCTAAAATATTGATAATTTGAAT"
## [10] "TATCTTCATACATCATAATTAAAACATTTATGATTACGATCTTATAATAA"
## [11] "ATTTATATTTGAATTACAAAACTAATAAGTATCTGATTACTCCAATTCTA"
## [12] "CCTCACATAACTATAGTTCAACATTTTCCAAATGTCTAAAGTTTATTTAT"
## [13] "TATCTATATTATAATATGCCTTAGAAATACAAAAAAAATTTCAATTTTTA"
## [14] "TACCAAATATAATTTTTTATGAATACTATAATATAAACATACATTCAGTT"
## [15] "TTAAATTATAAAATTTAGTACTGAATTTACGACTTACTTAAAATTATACT"
## [16] "ATATTTTTACTAATTATGTCAATAAAGATAATAAACAAATATTAGTGATA"
## [17] "TTAAATTGCATGTTGATTATTAAAAAACACTGAATTTCCCATTCTATAAA"
## [18] "TATGAATGATAAAAATATTATTCGTATTTATAAATTGCTTGTAATCTTAA"
## [19] "TCCTTTCTAAACACTTTTATAAAATATACACAATATTATATATACGATTT"
## [20] "TTTAATCCATACCAACAATTATTATTAGATAACTTATAAATATCTTTGAG"
## [21] "TATTTATTTACTCCCATTTAATCTCATTATGAATATTAAATAATATTTCC"
## [22] "GATAATAGACAACACATCTCTGTTTAACTATCAATTAATTAGAATAAAAT"
## [23] "ACATTAAAACCATAAATAAATAAGTTTTTAATGTCTCATAAATAAAGAAT"
## [24] "AAGGTCTACTTTAATGCTATAACATTAAATTAAAGATAATAAATCCATAA"
## [25] "TAATTAGTTATCAGTACAATTACGTTATATTATTATTAATTCTATAATAC"
## [26] "CTTATAAAAAAAAATTAATTTTTTTACAAATTTCAGCACATTAATAATCA"
## [27] "TAATCATAATCTTTGTACAAATAGTTATGATCATACTATTAATCATTGCA"
## [28] "ACTAAGTTTCCCAATTTCATAATTCCAGTTTAATATTTTAGTTATTAGTA"
## [29] "ATAGAGAAATTAAATTTACCTAGATCCAACCTATAAACTGTAACATAAAT"
## [30] "GCTTAAATGTTGAATAAATATCAAAATCATGTTTTCACAGTAATTTATAT"
## [31] "ACTTCAAAAATCATTATAATCAATGTTATGTATATTATAAAAACTATAGC"
## [32] "TATAGACAAAATTTTTAAAGATTGAATTCAAGAAACTACTTATGTATTAA"
## [33] "TGTTTATTACATATAAATATATCGTTTCTATAATATACACAACTATATAC"
## [34] "ACTGTTTTTATGGTATATATAACTCATAACTAAATCTCTTAACACTCAAA"
## [35] "TGTACATAAATGATATATTTGTTAGAACTTTAGATTCACATTTTATATTC"
## [36] "AGATGACCAATAAAATTCCTTTTTAAGACTAATAATTAAGTTATTTAATT"
## [37] "TAAACTTATGTCGAAAAAAATATCTTTTCTGATCTTAATTATTAATTTTT"
## [38] "TTTATAACAAGACCTAATCAAAATATGTATATTTCCGAAGAGTTAAAATT"
## [39] "AATCATAAAATTAAATCAAATGCTACTATATTTGTGTTTATATGTTATTC"
## [40] "CCGTTATTTAAATCATAATTGAAATTTCAAATTCAGGAAGTCCTTCTACT"
## [41] "AAGCTACAAATGTATAAAATGTTTCTATACTTTACCTAAAAAGTTATATT"
## [42] "TTTATATAATTTACAAAACATTGTGAAAACAGCTTGGATTTAAATTAATC"
## [43] "ATACATCTTCAATTATATTGATATATATTTACATAAATACAACTATTTAT"
## [44] "TTAAATTTATGTTCTTATCAATACCTAAATTAATTAAATGAATTAATAAT"
## [45] "TTTACTTATTTAAAAAATTTGGATACTATTCCTATATACAATTTGTTATA"
## [46] "ACATAAATTATATTTAATAGCATAAACATGTTGTTCAATTTAAATAAATA"
## [47] "TTAGATTCATTGAAATACATAAACTTTCTAATAACTATGTAAATAATTTT"
## [48] "AATATATTACCTATCATACATTTATCAAGATTCGTTTCAAACCTAGTAAA"
## [49] "TACCAATTATATATGAAATTCTATTTCAAAAATATTGTACATTAAAAGAG"
## [50] "ATAAATATTAAGATACTTAATTTCAATTTACATTCTTGTTCATTGATAAA"
## [51] "AACTAAACTATAAATTATAATTAGAAACTTAATTTTTTACTATTATCACT"
## [52] "ATTAATAAAATGTCTAAATTAAATATCTATTATCACAATTTACTATAATT"
## [53] "TTTGATAAAAGAATATATTTTTTCGAAGTTATGTTCTAGTAATATTAACT"
## [54] "ATTTTCAAATTAATTAATGTTAATAAAGATCCATACTCAAATTATTTAAC"
## [55] "AAAATGATCAAGATAAGCAAGATATAAATATATTTTACTTAATTTATGTA"
## [56] "TATTTTTAATAAATACAGATACCTTATAATATTAATAATAACGATATAAC"
## [57] "TAAATTTGAATAAATTTCATTAATAATACTTTATTTGCAACAATATTTAA"
## [58] "ATCATTACTACAATATTAATCATTGACTTCAAATTATAAAATCTCCATAA"
## [59] "CTAAATTGTTAAATATCGTTTTAAAAAAAAAGTACAGTAACTTTATTTTT"
## [60] "ATTAATATTTATAAATCTATTAATAATGTCTATTTCATCTTAGTTAATCT"
## [61] "TAAAATACTTTCATTAATACACTTTAAAAAAATCTAATTTGTTACCTTTA"
## [62] "TTTTTTTTCATTCTTAAGTTTATACATATATAGTCATTAACACAGAACCG"
## [63] "AATTGTAAAATATCAAATGATGCTTTTCATCATTTTAGAGACCATCATTA"
## [64] "TATAGGATTACTCTGATTAAATAAATTGTTTTTCTACACAATATTATTCA"
## [65] "ATGATCGAATTTATCACTATGTAATTCTAATATGATTACGACAATCAAGT"
## [66] "TACAATGAAAGGATTATTTTAGAAACTACTCAATATCATATTTTATTATT"
## [67] "CGGTTCTTTTTAGAATTACAAATTGTAATTACAATTTCACAATTACTTTA"
## [68] "CCAATACTATAATAATGCATCTTTGATTCAATATTTTTTATAGTTATTTA"
## [69] "AATTTTTATTAATTTTGGCACATTAAATATAAGGTGATAAATCCATTAAA"
## [70] "TAATCTTATATAGATAACCTTAATTATTTAGTCTAAGCATAATATAATAG"
## [71] "CTTTAATTTTTCAACCATTTTAAGAATCTATAAATTTTAAAGTTTAAATG"
## [72] "TGATTAGAATACTTTAATAATTCATATGTAACTCATAAAATTGAATTGCA"
## [73] "CCACATAATAAATTAATTAATAATTTAATTTTATATATTTAAACTAGATA"
## [74] "CTATAAAATTTTGTTTATATATAAAAATATAATTCATCAATACTTAATAT"
## [75] "CAAAATTAACTCTAAAACTTATATTAAAATATATTAAATTGGATTCAATT"
## [76] "TAAATGTATAATTCGAAAATTAAAGAAATTTTTAGTAATATTCCTTAAAT"
## [77] "TATAATATCTAAATGGATTTTTATAAATTATTTTCAAGCAAAAATAATTT"
## [78] "TTCCATTAATAAGGTGACATATATCGTTTGCATTATGTTATTTAATTTTA"
## [79] "TTGTGTGAAATTTTTACAAAATTATATAGATATTATTATAAACTTTTATA"
## [80] "ATGCAATGTATAAAAAATTAATATGTAAAATCATTCTATATTAGTGGTAT"
## [81] "TTATTTTTCGCATCAATAATAAATTTTAGAGTGAAGACAGTCTATAAACA"
## [82] "ATCTGGTATTATTATAAATAATAAACTAAAAATGTAATAATGTATATAAT"
## [83] "ACTAACTACTTAATTCAGATGAATGACCTAACATTTAATATACTTGTATT"
## [84] "TTTTTAATTATTTTTGAAAGTTAACATTACTATTCAAATGTATTAATATA"
## [85] "CTTACTGTTACATTAATTTATAATTTTTTGCATATGCCATTCAAAAAATT"
## [86] "ATAACGATATGTAATACCAATGATCAATGAATTAATTTATAATAATTTTA"
## [87] "CTAGTTTTTAATAATAAACTATTATGTATAACGACTATAAATATTAATTC"
## [88] "ATTGTTTAATTATATAATTATTTAATAGATCTTAACATGCGGTTATGTTA"
## [89] "GACACTTAATAGCTTCTTTTAAGTTATTATATTCTTAATAAAATTACTAC"
## [90] "CACTGGCTAAAATTCTATTACCTTTATATATAAATATAAAATATTCTTCT"
## [91] "GAAAATCACACATATATGATATTTGTTATTCTAAAATTTAATAAATTGTG"
## [92] "TTAATTAAAGGATTAATGTCTTTTTTTTACAATTTCAACTTTAAAATTTT"
## [93] "CTTAACTAATATATTAAAACTCTCGTAAGTATAAAACCTAAAATGATGCT"
## [94] "TACACACAATTGTATAAGGAATAAAGATTATTTCATTATAAAGCTACTAC"
## [95] "TATTTACCTTTTCTATTAAAGAAAAGTAATTGATACAATACAAAAATTAA"
## [96] "TAAAATATTTGTATAGATATCATACAACTCATTTATCATATATACAATTT"
## [97] "TTCAAAGCAACTCATAAAGACATTTTAATAAAATATATGCTTCATTTTTA"
## [98] "AAATCAGTTTATAATATTTAACTTTATTATATAGACCTTTATAACAACTA"
## [99] "ATATAACCGGTATTTTTAGCAATACCATAAAAAGATTTATAAATTATGCA"
## [100] "TATTTTAACTAAATATCTAAACTGAACGGTACAATATTATTTAAATATTA"Here I made a set of 50 base pair long reads samples from the seqX generated above it, but I’m not sure if the loop pulls the 50 continuous base pairs we are looking for from seqX,
So I also made a loop to potentially store these reads in a matrix but I’m not sure how to relate the number values sampled to the corresponding letter in that position.
Choosing random samples with a loop
seqX <- sample(c("A","C","G","T"),10000,rep=T,prob=c(0.4,0.1,0.1,0.4))
n = 100 #number to sample from vector
samples = 50 #length of sample
sam.mat = matrix(nrow=n, ncol=samples)
for (i in 1:100){
x = sample(1:10000,1)
sam.mat[i,1]= x
}
print(sam.mat)## [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
## [1,] 467 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [2,] 2591 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [3,] 4791 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [4,] 6122 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [5,] 7081 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [6,] 3299 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [7,] 6924 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [8,] 559 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [9,] 8829 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [10,] 9987 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [11,] 9645 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [12,] 9051 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [13,] 7633 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [14,] 5786 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [15,] 7526 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [16,] 1860 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [17,] 4481 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [18,] 5797 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [19,] 3767 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [20,] 2334 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [21,] 1952 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [22,] 3735 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [23,] 7478 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [24,] 8435 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [25,] 6415 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [26,] 47 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [27,] 1705 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [28,] 4605 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [29,] 6417 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [30,] 7431 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [31,] 2817 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [32,] 4950 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [33,] 6643 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [34,] 7327 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [35,] 4426 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [36,] 2378 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [37,] 7406 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [38,] 5057 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [39,] 3354 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [40,] 8841 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [41,] 5814 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [42,] 3572 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [43,] 4868 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [44,] 3431 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [45,] 3787 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [46,] 8416 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [47,] 1626 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [48,] 6373 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [49,] 3692 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [50,] 24 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [51,] 82 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [52,] 6796 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [53,] 7650 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [54,] 8600 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [55,] 905 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [56,] 1737 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [57,] 503 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [58,] 6147 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [59,] 3442 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [60,] 1418 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [61,] 990 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [62,] 7989 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [63,] 469 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [64,] 4464 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [65,] 8527 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [66,] 268 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [67,] 4338 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [68,] 3513 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [69,] 4117 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [70,] 9510 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [71,] 5606 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [72,] 583 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [73,] 6728 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [74,] 8879 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [75,] 8634 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [76,] 846 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [77,] 3704 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [78,] 4258 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [79,] 3593 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [80,] 8602 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [81,] 7579 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [82,] 658 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [83,] 5283 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [84,] 6381 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [85,] 9422 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [86,] 7593 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [87,] 5467 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [88,] 1665 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [89,] 4676 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [90,] 2570 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [91,] 8505 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [92,] 943 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [93,] 5613 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [94,] 1902 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [95,] 5027 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [96,] 8878 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [97,] 5872 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [98,] 7080 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [99,] 9754 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [100,] 1967 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [,13] [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23]
## [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [3,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [4,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [6,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [7,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [8,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [9,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [11,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [12,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [13,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [14,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [15,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [16,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [17,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [18,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [19,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [20,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [21,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [22,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [23,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [24,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [25,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [26,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [27,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [28,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [29,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [30,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [31,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [32,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [33,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [34,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [35,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [36,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [37,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [38,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [39,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [40,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [41,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [42,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [43,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [44,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [45,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [46,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [47,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [48,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [49,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [50,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [51,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [52,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [53,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [54,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [55,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [56,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [57,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [58,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [59,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [60,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [61,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [62,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [63,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [64,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [65,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [66,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [67,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [68,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [69,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [70,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [71,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [72,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [73,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [74,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [75,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [76,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [77,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [78,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [79,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [80,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [81,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [82,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [83,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [84,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [85,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [86,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [87,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [88,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [89,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [90,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [91,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [92,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [93,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [94,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [95,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [96,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [97,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [98,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [99,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [100,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [,24] [,25] [,26] [,27] [,28] [,29] [,30] [,31] [,32] [,33] [,34]
## [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [3,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [4,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [6,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [7,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [8,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [9,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [11,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [12,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [13,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [14,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [15,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [16,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [17,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [18,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [19,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [20,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [21,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [22,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [23,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [24,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [25,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [26,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [27,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [28,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [29,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [30,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [31,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [32,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [33,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [34,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [35,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [36,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [37,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [38,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [39,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [40,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [41,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [42,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [43,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [44,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [45,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [46,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [47,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [48,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [49,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [50,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [51,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [52,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [53,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [54,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [55,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [56,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [57,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [58,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [59,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [60,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [61,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [62,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [63,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [64,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [65,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [66,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [67,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [68,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [69,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [70,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [71,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [72,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [73,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [74,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [75,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [76,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [77,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [78,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [79,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [80,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [81,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [82,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [83,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [84,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [85,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [86,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [87,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [88,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [89,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [90,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [91,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [92,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [93,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [94,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [95,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [96,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [97,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [98,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [99,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [100,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [,35] [,36] [,37] [,38] [,39] [,40] [,41] [,42] [,43] [,44] [,45]
## [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [3,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [4,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [6,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [7,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [8,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [9,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [11,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [12,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [13,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [14,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [15,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [16,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [17,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [18,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [19,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [20,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [21,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [22,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [23,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [24,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [25,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [26,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [27,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [28,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [29,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [30,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [31,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [32,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [33,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [34,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [35,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [36,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [37,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [38,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [39,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [40,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [41,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [42,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [43,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [44,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [45,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [46,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [47,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [48,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [49,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [50,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [51,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [52,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [53,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [54,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [55,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [56,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [57,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [58,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [59,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [60,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [61,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [62,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [63,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [64,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [65,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [66,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [67,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [68,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [69,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [70,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [71,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [72,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [73,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [74,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [75,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [76,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [77,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [78,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [79,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [80,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [81,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [82,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [83,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [84,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [85,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [86,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [87,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [88,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [89,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [90,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [91,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [92,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [93,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [94,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [95,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [96,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [97,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [98,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [99,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [100,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
## [,46] [,47] [,48] [,49] [,50]
## [1,] NA NA NA NA NA
## [2,] NA NA NA NA NA
## [3,] NA NA NA NA NA
## [4,] NA NA NA NA NA
## [5,] NA NA NA NA NA
## [6,] NA NA NA NA NA
## [7,] NA NA NA NA NA
## [8,] NA NA NA NA NA
## [9,] NA NA NA NA NA
## [10,] NA NA NA NA NA
## [11,] NA NA NA NA NA
## [12,] NA NA NA NA NA
## [13,] NA NA NA NA NA
## [14,] NA NA NA NA NA
## [15,] NA NA NA NA NA
## [16,] NA NA NA NA NA
## [17,] NA NA NA NA NA
## [18,] NA NA NA NA NA
## [19,] NA NA NA NA NA
## [20,] NA NA NA NA NA
## [21,] NA NA NA NA NA
## [22,] NA NA NA NA NA
## [23,] NA NA NA NA NA
## [24,] NA NA NA NA NA
## [25,] NA NA NA NA NA
## [26,] NA NA NA NA NA
## [27,] NA NA NA NA NA
## [28,] NA NA NA NA NA
## [29,] NA NA NA NA NA
## [30,] NA NA NA NA NA
## [31,] NA NA NA NA NA
## [32,] NA NA NA NA NA
## [33,] NA NA NA NA NA
## [34,] NA NA NA NA NA
## [35,] NA NA NA NA NA
## [36,] NA NA NA NA NA
## [37,] NA NA NA NA NA
## [38,] NA NA NA NA NA
## [39,] NA NA NA NA NA
## [40,] NA NA NA NA NA
## [41,] NA NA NA NA NA
## [42,] NA NA NA NA NA
## [43,] NA NA NA NA NA
## [44,] NA NA NA NA NA
## [45,] NA NA NA NA NA
## [46,] NA NA NA NA NA
## [47,] NA NA NA NA NA
## [48,] NA NA NA NA NA
## [49,] NA NA NA NA NA
## [50,] NA NA NA NA NA
## [51,] NA NA NA NA NA
## [52,] NA NA NA NA NA
## [53,] NA NA NA NA NA
## [54,] NA NA NA NA NA
## [55,] NA NA NA NA NA
## [56,] NA NA NA NA NA
## [57,] NA NA NA NA NA
## [58,] NA NA NA NA NA
## [59,] NA NA NA NA NA
## [60,] NA NA NA NA NA
## [61,] NA NA NA NA NA
## [62,] NA NA NA NA NA
## [63,] NA NA NA NA NA
## [64,] NA NA NA NA NA
## [65,] NA NA NA NA NA
## [66,] NA NA NA NA NA
## [67,] NA NA NA NA NA
## [68,] NA NA NA NA NA
## [69,] NA NA NA NA NA
## [70,] NA NA NA NA NA
## [71,] NA NA NA NA NA
## [72,] NA NA NA NA NA
## [73,] NA NA NA NA NA
## [74,] NA NA NA NA NA
## [75,] NA NA NA NA NA
## [76,] NA NA NA NA NA
## [77,] NA NA NA NA NA
## [78,] NA NA NA NA NA
## [79,] NA NA NA NA NA
## [80,] NA NA NA NA NA
## [81,] NA NA NA NA NA
## [82,] NA NA NA NA NA
## [83,] NA NA NA NA NA
## [84,] NA NA NA NA NA
## [85,] NA NA NA NA NA
## [86,] NA NA NA NA NA
## [87,] NA NA NA NA NA
## [88,] NA NA NA NA NA
## [89,] NA NA NA NA NA
## [90,] NA NA NA NA NA
## [91,] NA NA NA NA NA
## [92,] NA NA NA NA NA
## [93,] NA NA NA NA NA
## [94,] NA NA NA NA NA
## [95,] NA NA NA NA NA
## [96,] NA NA NA NA NA
## [97,] NA NA NA NA NA
## [98,] NA NA NA NA NA
## [99,] NA NA NA NA NA
## [100,] NA NA NA NA NAVisuals
We can generate a bar graph shows that each base is well represented by our model and the artificial sequence follows the A-T and G-C ratios of real DNA sequences.
freqX <- table(seqX)/length(seqX)
barplot(freqX,col=1:4,main="Compositional bias of seqX",xlab="Base",ylab="Base proportion")